Highcharts, равно, как и Highstock, по моему личному мнению — лучшие вариант для оформления графического представления данных. Сейчас приведу пример, как сделать несколько осей Y, при этом разнести их в разные стороны.

Ниже приведен код, демонстрирующий наглядный пример использования нескольких осей.
Сперва создаются серии — обратите внимание на параметр yAxis — в нем хранится индекс оси, который мы используем.

$.getJSON('http://www.highcharts.com/samples/data/jsonp.php?filename='+ name.toLowerCase() +'-c.json&callback=?',   function(data) {
        seriesOptions[i] = {
            name: name,
            data: data,
            yAxis:i
        };
}

Далее, при инициализации графика в параметре yAxis нам следует указать массив объектов. Именно индексы этих объектов мы указывали выше, при объявлении серий.
Их соответствие и будет отвечать за параметры отрисовки той или иной серии.

        yAxis: [{
            labels: {
                formatter: function() {
                    return (this.value > 0 ? '+' : '') + this.value + '%';
                }
            },
            plotLines: [{
                value: 0,
                width: 2,
                color: 'silver'
            }]
        },
        {opposite:true},
        {opposite:true},
        {opposite:true}
  ],

Решение с отличным примером было найдено здесь.