При работе с jquery-плагином Select2 очень типична задача обновления плагина после изменений данных внутри исходного селекта.
Решение очень простое и было найдено на stackoverflow.
Итак, чтобы обновить плагин select2 выполните следующий код:
$('select.filter.select2').trigger('change.select2');
Как видите, это очень просто, хоть, по-своему и не очевидно.